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摘要
通过比较不同DNA提取前处理方法在高通量测序中对萨拉米香肠细菌种群结构的影响，为建立规范的高通量测序的操作流程优选出更适宜的前处理方法。采用直接提取法（M0）、拍击均质法（M1）和振荡珠磨法（M2）3种常用前处理方法提取萨拉米香肠中细菌DNA，利用MiSeq高通量测序技术分析萨拉米中细菌16S r RNA V3-V4区基因序列，以可操作分类单元（OTU）为基础分析细菌种群结构。结果表明，M0、M1和M2的OTU数分别为319、206和253；3种方法共有的OTU数为129，占样品总OTU数的31.85%；超1指数分别为177.93±31.02、120.76±28.60、166.96±15.63；香农指数分别为2.79±0.22、2.95±0.31、3.25±0.30。在门和科分类水平，不同的前处理方法获得的样品细菌种群结构相似，只有丰度上存在差异；但在属分类水平下，不同的前处理方法可影响后续种群结构分析的结果。M0可增大优势菌的丰度及多样性，可用于检测样品在成熟过程中存在过的细菌。而M1和M2除去了游离DNA，只留下具有完整细胞结构的细菌菌体，更能反映出样品在取样时的细菌种群结构。当样品结构相对均一时，M1与M2的菌群结构和丰度趋于一致。本研究说明，不同的前处理方法可影响后续种群结构分析的结果。应该尽早建立统一的高通量测序操作与分析流程，确保数据的可靠性以及不同研究之间结果的可比性。
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