基于转录组测序的缺须盆唇鱼微卫星标记特征分析

作者：任芳; 马秀慧^*

来源：基因组学与应用生物学, 2021, 40(03): 1055-1060.

DOI：10.13417/j.gab.040.001055

• 缺须盆唇鱼
• 转录组测序
• 微卫星标记

缺须盆唇鱼(Placocheilus cryptonemus)是云南省怒江流域特有的一种高原经济鱼类。通过在Illumina HiSeq 2500平台上对缺须盆唇鱼进行转录组测序(RNA-seq)分析,利用MicroSAtellite (MISA)微卫星识别工具对1～6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,在缺须盆唇鱼转录组中共发现分布在36 764条Unigene上的30 500个SSR位点,包含序列的SSR数量为18 078,发生频率为49.17%。获得的单纯SSR中共有215种重复基元,其中单核苷酸重复基元类型数量最多,为88个,六碱基重复的SSR最少,其他的重复从二、三、四、五、六碱基开始,SSR的形成呈现递减规律。SSR位点的重复次数主要发生在6～10次和11～15次重复之间,发生频率分别为38.59%和36.02%。本研究对缺须盆唇鱼的转录组数据进行测序鉴定,得到了数量较多的SSR标记,同时对得到的缺须盆唇鱼SSR数据特点进行归纳总结。本研究不仅提供了一个有价值的转录组资源,而且建立了一套SSR标记,可以为缺须盆唇鱼的基础研究、应用研究提供有效的分子标记。

• 单位
  贵州大学; 动物科学学院