橡胶林土壤宏基因组文库的构建及分析

作者：陈旭玉; 周亚奎; 贺春萍; 余贤美; 郑服丛

来源：热带作物学报, 2008, 29(05): 605-609.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2008.05.014

• 土壤微生物
• 宏基因组文库
• 序列分析

构建包含了7680个克隆子的橡胶林土壤宏基因组文库,76.2%的质粒含有外源DNA,插入片段的平均大小约为4.3kb,DNA文库的容量约为32.25MB。随机挑取20个克隆子进行测序,NCBI的Blastx分析结果发现,3号与不能培养的微生物(Candidatus kuenenia)有一定的同源性。5号与Rickettsiella grylli的同源性达83%,可以初步推断其功能为吡哆醛生物合成裂解酶PdxS。11号和16号与分类地位尚未确定的细菌(Solibacter)有同源性,随机测序的这20个序列中,部分序列除与裂解酶、蛋白酶、激酶等蛋白有一定的同源性外,有5个与功能尚不清楚的蛋白有一定的同源性,其中13号与假定蛋白pEA28_01的同源性达100%。

• 单位
  中国医学科学院药用植物研究所; 海南大学; 农业部; 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所