中国古老月季“月月粉”的叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：侯哲; 李昂; 黄长兵^*

来源：种子, 2023, 42(01): 58-109.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.01.058

• 月季
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

本研究基于“月月粉”月季叶绿体全基因组图谱，对其密码子偏好性进行分析。结果表明，月季的叶绿体基因组总长为156 591 bp,具有典型的四分体结构。共筛选到49条基因序列用于密码子偏好性分析，GC1,GC2,GC3的平均值分别为47.74,39.38,29.16,密码子第一位的GC含量最大，第三位的最小，具有明显的差异；有效密码子数(ENC)与第三位密码子的GC含量显著相关；中性绘图结果说明GC3与GC12的相关性不显著，且密码子的偏好性受自然选择的影响；ENC-plot及ENC比值频数分布结果表明，大多数基因的ENC值低于预期值，大多数基因位于-0.05～0.05区间外，说明大部分基因受到了突变的影响；同义密码子相对使用度(RSCU)分析表明，RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾，同时选取RSCU值大于1且ΔRSCU值大于等于0.08的密码子作为最优密码子，即UUU、CUU、AUA、CAU、GAU、UCA、ACA、CGA、AGU、AGA、CGA,共计11个最优密码子，且这11个最优密码子均以A和U结尾。

• 单位
  苏州农业职业技术学院