安徽岳西野生茅苍术叶绿体全基因组测序及系统发育研究

作者：胡健鹏; 蒋露; 徐睿; 吴君贤; 管凤雅; 姚金辰; 刘军玲; 张亚中^*; 查良平^*

来源：中国中药杂志, 2023, 48(01): 52-59.

DOI：10.19540/j.cnki.cjcmm.20221014.102

• 茅苍术
• 叶绿体基因组
• SSR
• 密码子偏好性
• 系统发育分析

基于高通量测序技术获得安徽岳西产野生茅苍术Atractylodes lancea叶绿体全基因组序列，进行叶绿体全基因组结构及特征分析，为研究茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护奠定了基础。使用改良的CTAB方法提取茅苍术的DNA;采用高通量测序技术进行测序，利用metaSPAdes进行组装，利用CPGAVAS2进行注释；利用生物信息学方法对茅苍术叶绿体基因组进行重复单元分析、IR边界分析、密码子偏性分析和系统发育树分析。获得茅苍术叶绿体全基因组的全长为153 178 bp,包含1个84 226 bp的大单拷贝区(large single copy, LSC)和1个18 658 bp的小单拷贝区(small single copy, SSC),它们被2个25 147 bp的反向重复序列(inverted repeat sequence, IRs)隔开。茅苍术叶绿体基因组的GC量为37.7%,可编码注释124个基因，包含87个蛋白质编码基因、29个tRNA基因和8个rRNA基因。其具有26 287个密码子，可编码20种氨基酸。系统进化分析表明，苍术属的植物聚为一个分支结构，其中茅苍术与朝鲜苍术的亲缘关系较近。该研究建立了适宜茅苍术叶绿体基因组的测序方法，丰富了菊科植物的遗传资源，为茅苍术的物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供了理论参考。

• 单位
  安徽中医药大学; 安徽省食品药品检验研究院