AFEchidna—动植物育种数据遗传评估分析的R程序包

作者：肖丽娜; 魏瑞研; 谭芷茵; 张卫华; 林元震^*

来源：林业与环境科学, 2022, 38(05): 50-56.

• REML
• 方差分量
• 遗传参数
• 批量分析

子代测定是动植物育种中的关键环节，一般使用混合线性模型基于限制性最大似然(restricted maximum likehood, REML)法来估算子代测定数据中随机效应的方差分量，并估计固定效应(最佳线性无偏估计，BLUEs)和预测随机效应(最佳线性无偏预测，BLUPs)。当前动植物遗传评估的先锋软件是ASReml，但其是商业软件，费用昂贵。虽然有如Echidna或R程序包sommer等免费软件，但是Echidna软件用法复杂，而R程序包功能有限。因此本研究利用R语言基于Echidna软件编写R程序包AFEchidna，方便用户通过该程序包使用混合线性模型不仅可求解方差分量、遗传参数和随机效应BLUP值，还可进行多个性状、多个方差结构和多个遗传参数的批量分析，不同模型间的比较以及基因组BLUP分析。开发AFEchidna包来壮大遗传评估免费软件，并期望其效率能接近于商业软件。

• 单位
  广东省森林植物种质创新与利用重点实验室; 广东省林业科学研究院; 华南农业大学