明代贵州镇守总兵官的设置,与湖贵镇守总兵官的裁撤相互关联。贵州镇守总兵官常设后,明廷先后将设于贵州境内的湖广平溪等四卫,以及湖广、四川与贵州交界地区的众多地方建置划归贵州镇守总兵官兼制。嘉靖后期,明廷将贵州镇守总兵官的驻地由贵阳迁往铜仁。此后,贵州镇守总兵官曾一度因杨应龙和奢安之乱迁回贵阳,但不久后又复驻铜仁。从贵州镇守总兵官的兼制区域与驻地变迁可知,明朝后期,贵州镇守总兵官的军务管辖重心已由贵阳移往黔东。