云南省柯萨奇病毒A组6型全基因组特征分析

作者：张名; 冯昌增; 刘红波; 王晓辉; 许丹菡; 丛山日; 何陆涛; 张光贤; 马绍辉^*

来源：中国生物制品学杂志, 2022, 35(08): 922-927.

DOI：10.13200/j.cnki.cjb.003686

• 柯萨奇病毒A组6型
• 全基因组
• 序列分析

目的 分析2015年云南省4株柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CV-A6）分离株的全基因组特征。方法 取手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）患儿粪便样本，制备悬液，接种至人横纹肌肉瘤细胞，CV-A6致细胞病变（CPE）后，收集病毒液，提取RNA，经RT-PCR分段扩增获得全基因组片段，并进行测序。采用Geneious9.1. 4和Mega 7.0、Simplot等生物学软件进行核苷酸和氨基酸序列比对、系统进化及重组分析，并构建系统进化树。结果 4株CV-A6分离株之间核苷酸和氨基酸序列一致性分别为94.8%～97.9%和97.3%～98.4%，与近几年国内流行的CV-A6株核苷酸和氨基酸序列一致性分别为94.6%～97.9%和97.4%～99.1%；分离株在5′UTR、2A、2C、3A、3D、3′UTR区可能存在与毒力和临床表型相关的12个位点。结论 4株云南分离株属于CV-A6血清型，为D3a基因亚型。

• 单位
  中国医学科学院医学生物学研究所