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摘要
HPPK一种是重要的激酶和潜在的抗生素靶点,它的作用是催化细菌体内重要生命物质叶酸合成的第一步反应。在HPPK的催化反应过程中,HPPK先与MgATP结合,再与HP结合,然后催化反应发生。HPPK中的3个loop结构在结合过程中起着重要作用:MgATP的结合位点位于loop 3下,HP的结合位点位于loop 2下。loop 3与loop 2的开闭分别意味着MgATP与HP结合位点的开闭,本文运用分子动力学模拟研究HPPK与MgATP复合物构象变化。计算结果表明,在整个模拟过程中loop 3一直处于关闭状态,而loop 2则在全开、半开以及关闭等构象间转换;loop 2的开闭意味着HP结合位点的开闭,这些结果揭示了HP进入HPPKMgATP复合物很可能遵循的是构象选择机制。
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单位中国科学院大学; 波谱与原子分子物理国家重点实验室
