基于RNA-seq探究太赫兹波抑制白血病K562细胞的转录组学特征

作者：陈中; 尚广彬; 傅柳; 柳歌; 陈宣; 张琦; 卢晓南

来源：激光与光电子学进展, 2021, 1-17.

• 生物光学
• 太赫兹波
• K562细胞
• 转录组学
• RNA-seq

探究太赫兹波抑制K562细胞存活率基因表达变化的整体情况，揭示其可能的关键信号通路。本研究利用太赫兹波干预K562细胞，采用RNA-seq测序分析其基因表达变化的整体差异，通过生物信息学方法分析差异表达基因的富集与聚类特征。结果 以|log2FC|≥1,p-adjust<0.01为筛选条件对差异表达基因进行筛选，共筛选出1131个差异表达基因，其中上调表达基因216个，下调表达基因915个。GO富集分析发现差异表达基因主要富集于DNA结合转录激活剂活性、RNA聚合酶与DNA结合、转录因子活性、蛋白质折叠、共价染色质修饰和组蛋白修饰等。KEGG信号通路分析结果显示，差异表达基因主要富集在MAPK、C型凝集素受体、Notch、JAK/STAT和TGF-β等与白血病增殖与凋亡密切相关的信号通路。本研究展示太赫兹波抑制K562细胞存活率基因表达变化的整体特征，揭示其可能的关键信号通路，对进一步揭示太赫兹波影响生物体效应具有一定的参考价值。

• 单位
  江西省中医病因生物学重点实验室; 江西中医药大学; 江西中医药大学中医基础理论分化发展研究中心