申克孢子丝菌chs1基因生物信息分析

作者：孙瑶; 高文超; 何泰龙; 黄家敏; 黄丽林; 张静; 李美荣; 张云青; 尹颂超; 黄怀球

来源：皮肤性病诊疗学杂志, 2017, 24(04): 238-242.

DOI：10.3969/j.issn.1674-8468.2017.04.004

• 申克孢子丝菌
• chs1基因
• 生物信息学

目的:对申克孢子丝菌几丁质合成酶基因(chs1)及其编码蛋白的结构和特性进行分析和预测。方法:利用NCBI网站、Ex PASy和CBS等工具预测申克孢子丝菌chs1基因及编码蛋白的结构和功能。结果:chs1 mRNA全长2 745 bp,编码914个氨基酸。BLAST分析显示,申克孢子丝菌与巴西孢子丝菌、蓝菌属真菌、足马杜拉分枝菌等真菌chs氨基酸序列一致性达到99%,且有保守域。预测chs1蛋白相对分子量为102 714.7,理论等电点为6.71。预测chs1编码蛋白ɑ螺旋、β折叠、β转角、无规则卷的比例分别是38.40%、17.94%、10.39%、33.26%。chs1蛋白是一种疏水蛋白,包含9个跨膜区,未发现信号肽。结论:成功预测了chs1基因及编码蛋白质的生化性质及结构特征,为下一步对其进行克隆、表达和敲除奠定基础。

• 单位
  广东省妇幼保健院; 中山大学附属第三医院; 中山大学孙逸仙纪念医院