国家自然科学基金委员会在"十二五"期间与南美国家合作取得了突破性进展,初步建立对南美主要科技大国的合作网络,并联合开展了系列双边合作与交流活动。由于国家自然科学基金委员会对南美地区的合作尚处于起步阶段,在双边合作过程中还面临着一些挑战和问题,本文就具体挑战和问题进行了探讨并提出了相关对策思考。