茄子KCS6基因的生物信息学与表达特性分析

作者：黄倩茹; 刘晓慧; 谭枫; 吴雪霞; 张爱冬; 王全华

来源：分子植物育种, 2022, 1-14.

• 茄子
• KCS6
• 生物信息学分析
• 表达特性

为了初步了解KCS6基因的基本特性，将KCS6基因克隆测序，并使用在线软件NCBI、FGENESH、InterProScan、PSIPRED Workench、SWISS-MDDEL、ProtParam、SingaIP以及PSORT Perdiction等在线软件对KCS6基因进行分析，预测其理化性质、磷酸位点、结构域、信号肽和跨膜结构、蛋白质的二级和三级结构，以及亚细胞定位。最后对KCS6基因组织特异性分析，初步确定该基因的功能。KCS6基因全长678 bp，编码225个氨基酸，KCS6蛋白是亲水性稳定蛋白，并且无信号肽和跨膜结构；亚细胞定位预测发现，该蛋白定位于细胞核中的概率最大；二级结构主要由α-螺旋、无规卷曲和延伸链组成；磷酸位点最多的是丝氨酸(Ser)，最少的是酪氨酸(Tyr)；不同物种多序列比对发现，茄子与西红柿、马铃薯、烟草和辣椒中KCS6编码的氨基酸序列进行同源性较高，同源性分别为89.78%、92.44%、88.89%和91.56%。系统进化树发现，SmKCS6与StKCS6、CaKCS6的进化距离最短，同源性高达92%，这表明茄科植物马铃薯、辣椒与SmKCS6的亲缘性最高；组织特异性分析表明，KCS6基因在果皮、根、叶中均有表达，在茎和花中几乎不表达，但在果皮中的表达含量最高，这表明KCS6基因可能主要在果皮中发挥作用。

• 单位
  上海市农业科学院园艺研究所; 上海师范大学; 生命科学学院