基于三代全长转录组测序的极边扁咽齿鱼SSR分子标记开发

作者：吴晓雲; 陈叶雨; 龚全; 刘亚; 宋明江; 李飞扬; 李鹏程; 邹巧林; 欧军; 赖见生^*

来源：南方农业学报, 2023, 54(09): 2525-2532.

• 极边扁咽齿鱼
• 转录组
• SSR分子标记
• 遗传多样性

【目的】基于三代全长转录组测序数据，开发极边扁咽齿鱼SSR分子标记，积累和丰富该物种遗传信息，为后期指导和优化人工繁殖技术提供理论参考。【方法】基于极边扁咽齿鱼三代全长转录组测序结果（PRJNA792686），分析SSR分布情况，筛选出具有多态性的SSR引物，并对2个流域37尾边扁咽齿鱼的遗传多样性进行分析。【结果】极边扁咽齿鱼单核苷酸重复SSR个数最多，占37.87%，二核苷酸～六核苷酸重复序列依次占31.77%、10.32%、1.29%、0.25%和0.10%；二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸重复序列均以重复次数5～8次居多，分别占各自SSR总数的55.26%、94.90%、70.92%和89.52%；之后随重复次数增加而逐渐减少，当重复次数为21～24次时最低，分别占各自SSR总数的2.63%、0.04%、2.68%和0。单核苷酸重复序列以重复次数9～12次居多，占其SSR总数的71.43%；五核苷酸重复序列的重复次数主要集中在5～8次，占其SSR总数的83.33%；三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复序列中，排名前5的序列分别是TA(17.07%)、AT(16.95%)、TG(15.29%)、AC(12.51%)和CA(9.71%);TTA(7.53%)、GAT(6.07%)、TAT(5.93%)、CAG(5.50%)和GAG(5.50%);TATC(4.83%)、TTTA(4.32%)、TTCT(3.81%)、TATT(3.56%)和TGTT(3.18%)。共设计38对SSR引物，最终筛选得到9对SSR多态性引物。2个流域的极边扁咽齿鱼等位基因数（Na）为3～29，其中，A流域极边扁咽齿鱼的期望杂合度（He）为0.484～0.931，香农指数（H′）为0.677～2.793;B流域极边扁咽齿鱼的He为0.315～0.948,H′为0.578～3.075。【结论】2个流域的极边扁咽齿鱼具有较高的遗传多样性。开发的9个多态性SSR分子标记可用于极边扁咽齿鱼育种和种质保护。

• 单位
  四川省农业科学院水产研究所