16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析

作者：杜凤雪; 周文亭; 邱丰; 尹文娇^*; 曹经瑗^*; 毕胜利

来源：病毒学报, 2022, 38(06): 1397-1404.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004214

• 甲型肝炎病毒
• 基因分型
• 全基因组序列

为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒（Hepatitis A virus,HAV）流行株全基因组序列特征，收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎（甲肝）暴发中，部分甲肝病例急性期血清标本，提取HAV RNA，进行VP1-2A区基因分型，RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列，构建系统进化树，分析基因组特征。本研究获得16条HAV近全基因组序列，均属于基因IA亚型，核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81%～100%和99.23%～100%。与GenBank中HAV序列比较，15条序列与Man12-001（蒙古国株）最接近，核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87%～99.81%和99.55%～99.95%;1条序列与HAJEF-K12（日本株）最接近，核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37%和99.91%。本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株，来源于同一起甲肝暴发时，HAV近全基因组核苷酸序列差异为0%～0.03%；来源于不同起暴发时，核苷酸序列差异为0.18%～0.99%。16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异，编码区氨基酸序列处于负向选择压力，16条序列间及与参考序列间未发现基因重组。本研究表明我国存在多株HAV流行株，主要为基因IA亚型；VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株，来源于同一起甲肝暴发的HAV全基因组核苷酸序列同源性高于不同起暴发的HAV序列同源性。HAV基因分型及全基因序列分析与现场流行病学调查结果相结合，更有利于HAV溯源分析。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所