本发明公开了一种生物有机硒饲料添加剂及其制备方法与应用。本发明将果皮渣、豆粕、膨化豆粉、麦麸和亚硒酸钠混匀,调节含水率得到的物料和植物乳杆菌、干酪乳杆菌、动物双歧杆菌混合,发酵,烘干,粉碎,得到生物有机硒饲料添加剂。本发明不仅有效回收利用果皮渣等农林废弃物,还能获得富含生物有机硒的饲料添加剂;而且,该饲料添加剂还含丰富的益生菌,有利于动物的生长,具有较好的应用前景。