hsa-miR-34a在肿瘤中的表达及生物信息学分析

作者：文舒展; 付子乐; 陈淑英^*

来源：检验医学, 2022, 37(07): 657-663.

• 微小RNA-34a
• 生物信息学分析
• 肿瘤
• 靶基因
• 功能富集
• 信号通路富集

目的 分析人微小RNA-34a(hsa-miR-34a)在不同肿瘤中的表达情况，预测其靶基因，并分析其生物学功能、作用机制。方法 通过miRBase数据库获得序列，分析hsa-miR-34a在人类基因组中的位置及其物种间的保守性。通过TargetScan、miRWalk、miRDB和mirDIP数据库预测hsa-miR-34a的靶基因并取交集，通过TiGER数据库分析所得靶基因集在人体不同组织中的表达情况。利用PANTHER和DAVID在线工具对hsa-miR-34a的靶基因进行基因本体论（GO）富集分析和REACTOME信号通路富集分析。采用STRING数据库构建hsamiR-34a的靶基因对应蛋白质的互作网络。结果 hsa-miR-34a在乳腺癌、前列腺癌、膀胱癌等肿瘤中表达显著降低。编码hsa-miR-34a的基因序列在不同物种间具有高度保守性。共获得225个靶基因，采用Target Score功能排序后取前30个靶基因。hsa-miR-34a各靶基因在不同组织间的相对表达量差异均无统计学意义（P>0.05）。GO富集分析结果显示，hsa-miR-34a靶基因集中表达于网格蛋白囊泡和囊泡膜及其物质转运、多细胞生物过程和发育、神经系统发生和发育、解剖结构发育等。REACTOME生物通路富集分析结果显示，hsa-miR-34a靶基因集中富集于B型和G型肉毒杆菌毒素毒性、信号素4D(Sema4D)介导的细胞黏附和迁移抑制、神经递质的合成和释放等生物信号通路。根据蛋白质互作网络对靶基因重新进行排序，排在前5位的蛋白质对应的靶基因分别为SYT1、VAMP2、MET、RRAS、CACNA1E。结论 hsa-miR-34a与多种肿瘤的发生、发展有关，分析靶基因及其生物学功能，可为后续的临床和基础研究提供参考依据。

• 单位
  复旦大学附属中山医院; 复旦大学附属华山医院