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摘要
本研究以黄石斛(Dendrobium catenatum Lindl.)作为参考基因组,用GBS-SNP标记比较分析4种石斛(霍山石斛,铁皮石斛,细茎石斛,梵净山石斛)的差异和亲缘关系,以期为这4种石斛的研究提供参考。结果表明:4种石斛每个样本产生的clean reads值分别为1 390 262、1 286 162、1 380 009、1 170 337;每个样本的单核苷酸多态性位点(SNP)数目分别为1 507 746、893 333、1 364 605和1 227 006个;Admixture软件分析遗传结构显示:最佳的K值是2时,铁皮石斛聚为一支,其余石斛聚为一支;而当K=3时,铁皮石斛聚为一支,部分霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛聚为一支,另一部分霍山石斛聚为一支;K=4时,分为4支,铁皮石斛聚为一支,细茎石斛与梵净山石斛聚为一支,霍山石斛被分为两支,这结果与邻接NJ树相似;主成分分析(PCoA)显示91个石斛样本被分为三支,铁皮石斛聚为一支,霍山石斛聚为一支,细茎石斛和梵净山石斛聚为一支。根据本研究结果揭示铁皮石斛与其余3种石斛亲缘关系较远,细茎石斛与梵净山石斛亲缘关系较近,霍山石斛可被分为两大支,其中一支霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛亲缘关系较近。本研究证实了GBS产生高通量SNP可应用于不同种石斛或其他不同种植物的亲缘关系鉴定。
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