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摘要
利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析，为新品种选育亲本选择提供理论依据。以60份石斛兰种质资源为对象，用特异性位点扩增片段测序技术（SLAF-seq）对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析。通过对各样品的测序数据进行统计，共获得157.34 Mb Clean Reads数据，各样本Reads数据在576 195-5 359 710之间。样本平均测序质量值Q30为93.85%，平均GC含量为40.16%。通过测序数据分析，共获得1 337 217个SLAF标签，标签的平均测序深度为9.63×，其中具多态性的SLAF标签有1 049 638个。共开发得到11 248 186个群体SNP标记，每个样品的SNP标记数目介于694 015-6 367 379之间，SNP标记完整度为2.71%-24.89%，杂合率为1.13%-5.74%。对群体SNP过滤，共获得31 499个高度一致性的有效SNP标记。利用筛选获得的SNP标记构建系统发育树，60份石斛兰种质资源被分为3个亚群，这3个亚群分别包含材料为Q1:3份，Q2:21份，Q3:36份。种质聚类结果与形态学分类结果基本一致。利用SLAF-seq技术能高效、精确地开发出适用于石斛兰种质遗传分析的SNP标记，开发的SNP标记可为石斛兰育种、遗传图谱构建、品种鉴定以及农艺性状的关联分析等研究提供分子基础。
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