基于TCGA/GEO 数据库对lncRNA在口腔鳞状细胞癌中甲基化水平及预后相关性的分析

作者：林诗晗; 邹璐宁; 林雪梅; 刘熠娟; 葛欣婷; 李遥遥; 傅升; 吕红兵^*

来源：实用口腔医学杂志, 2022, 38(03): 368-372.

• 口腔鳞状细胞癌
• 基因甲基化
• 预后

目的:探讨lncRNA异常甲基化与口腔鳞状细胞癌预后的关系。方法:从TCGA和GEO数据库中获取口腔鳞状细胞癌甲基化数据及表达数据，采用R软件的CHAMP包对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析，R软件的DESeq2包对表达数据进行差异表达分析。利用GENCODE 28V探针进行甲基化注释，Cox回归分析及GSE52793芯片验证获得预后相关lncRNA。Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素分析、接受者工作特征曲线(Receiver Operation Characteristic,ROC)等评估影响预后的因素。结果:4种lncRNA SFTA1P,AL049775.2,KCNMB2-AS1和AL445250.1在口腔鳞状细胞癌中表现为高甲基化，生存分析显示，所有4种lncRNA在OSCC中均具有临床预后价值。结论:SFTA1P,AL049775.2,KCNMB2-AS1和AL445250.1的甲基化水平与口腔鳞状细胞癌预后有关。

• 单位
  福建医科大学附属口腔医院