目前,高校在财政项目支出预算管理上陷于困境。集中表现在财政“紧缩”状态下,项目资金外部竞争加大,内部项目预算管理效率低下且难以有效提高。从内外因素和高校组织行为特征进行深层次的逻辑分析,其困境存在的原因在于高校存在的行政体系与学术体系之间的控制与博弈。为此,本文从完善制度设计与组织管理体系角度,提出破解高校项目支出预算管理困境的途径。