布鲁氏菌Omp25蛋白抗原表位的生物信息学分析

作者：陈志强; 沙桐; 李智伟; 丁剑冰; 张峰波^*

来源：新疆医科大学学报, 2020, 43(04): 414-418.

• 布鲁氏菌
• Omp25
• 生物信息学
• 抗原表位

目的利用生物信息学方法对羊布鲁氏菌Omp25蛋白进行分析,预测其T细胞以及B细胞的优势抗原表位。方法从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌的Omp25蛋白的氨基酸序列。应用ProtParam在线软件分析Omp25蛋白的理化性质,应用SOMPA在线软件分析Omp25蛋白二级结构,应用Phyre2及SWISS-MODEL在线软件构建并分析Omp25蛋白三级结构,应用ABCpred和BepiPred等在线软件预测Omp25蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB在线软件预测Omp25蛋白的T细胞抗原表位。结果 Omp25蛋白含有23个强碱性氨基酸,含有21个强酸性氨基酸,归类为亲水性稳定蛋白,Omp25蛋白的二级结构中α-螺旋占24.88%,β-折叠占25.35%,β-转角占2.82%,无规则卷曲占46.95%。联合不同软件的预测结果分析后,最终获得1段CD4+T细胞优势抗原表位、3段CD8+T细胞优势抗原表位以及3段B细胞优势抗原表位。结论通过生物学信息的方法较为全面地预测了羊布鲁氏菌Omp25蛋白的优势T细胞以及B细胞抗原表位,为进一步研制羊布鲁氏菌表位疫苗构建提供了理论基础。

• 单位
  新疆医科大学; 新疆医科大学第一附属医院; 基础医学院; 新疆维吾尔自治区人民医院