哮喘气道平滑肌细胞对糖皮质激素反应的关键基因筛选和生物信息学分析

作者：何玥薇; 邓胜勇; 蒲向阳; 何斌斌

来源：重庆医学, 2020, 49(11): 1841-1845.

• 气道平滑肌
• 糖皮质激素类
• 哮喘
• 生物信息学
• 差异表达基因

目的筛选哮喘气道平滑肌细胞对糖皮质激素反应的关键基因,并对其进行生物信息学分析及验证。方法从基因表达公共数据库中下载人气道平滑肌细胞在体外培养下糖皮质激素影响相关基因的mRNA表达谱芯片GSE34313,运用GEO2R对表达差异基因进行筛选,使用DAVID进行基因本体注释和KEGG富集分析,基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络、鉴定枢纽基因,并在重度哮喘患者mRNA表达数据集中验证筛选出的枢纽基因表达情况。结果在人气道平滑肌细胞经地塞米松干预组和未接受干预组中共确定223个差异基因,其中上调基因106个,下调基因117个。上调基因主要涉及对雌二醇的反应、细胞对饥饿的反应、对胰岛素的反应和RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控等生物学过程;下调基因主要涉及细胞增殖的正调控、信号转导、细胞信号转导、内皮细胞增殖的阳性调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的阳性调控、细胞黏附的阳性调节等生物学过程。上调基因IRS2和下调基因IL-6、VEGFA、CCL2是重要的枢纽基因,在正常对照组和重度哮喘组中的表达差异有统计学意义(P<0.05)。结论 IRS2、IL-6、VEGFA、CCL2基因在人气道平滑肌对糖皮质激素的反应过程中发挥重要作用,在哮喘糖皮质激素治疗中具有潜在研究及临床应用价值。

• 单位
  重庆市黔江中心医院