利用简化基因组测序筛选安格斯牛生长相关的受选择基因

作者：吕世杰; 陈付英; 金磊; 张子敬; 朱肖亭; 施巧婷; 辛晓玲; 楚秋霞; 柏中林; 王二耀^*; 徐照学^*

来源：畜牧兽医学报, 2020, 51(04): 713-721.

• 南阳牛
• 生长性状
• 候选基因
• 选择性清除
• 遗传分化系数

旨在探究安格斯牛生长相关的受选择基因,为肉牛生长相关主效基因的鉴定提供参考。本试验共采集72头南阳牛母牛和14头黑安格斯牛母牛血样并提取基因组DNA。利用SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing)技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst值)和核苷酸多态性(πratio)筛选两品种间的差异基因组区域,并与动物QTL数据库中牛生长性状QTLs进行比对,重合区域作为候选区域。随后对候选区域内基因进行功能注释以筛选候选基因,并根据"Expression Atlas"数据库对候选基因的组织表达情况进行分析。经筛选后,本试验共得到69 762个SNPs,以Fst值和πratio值的99%分位数为阈值筛选得到33个两品种间高度差异的基因组区域,其中16个基因组区域与生长性状相关QTLs重合。这些区域共包含27个基因,其中4个基因(FXR1、ADAR、IGF1和MNF1)与骨生长、肌肉发育和生长调控有关。FXR1和MNF1均在骨骼肌组织中高表达,ADAR和IGF1分别在脑组织和肝脏中表达最高。结果提示,IGF1基因可作为影响肉牛生长的关键候选基因,FXR1、ADAR、MNF1基因可优先进行进一步验证研究。

• 单位
  河南省农业科学院