基于高通量测序的大叶铁线莲基因组微卫星特征分析

作者：宋琳琳; 王豆豆; 周晓君

来源：分子植物育种, 2021, 1-11.

• 大叶铁线莲
• 二代测序
• 基因组
• 完全型微卫星

为了探究大叶铁线莲的遗传背景，本研究利用Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台获得大叶铁线莲简化基因组水平上的序列信息，测序获得4.819 Gb的高质量数据。使用MISA软件对组装得到的235 602条contigs序列进行扫描，获得含SSR的序列有4 966条，共有5 017个SSR位点，其中完全型（perfect） SSR有4 827个，复合型（compound） SSR有190个。大叶铁线莲SSR的出现频率（检出的SSR个数与总序列数之比）为2.13%，平均每12.33 kb出现1个SSR （1/12.33 kb）。SSR位点的主要重复单元类型为二核苷酸重复，占SSR总数的38.53%，其次为单核苷酸，占SSR总数的36.58%。5 017个SSR中共发现106种重复基序，其中三核苷酸重复基序的类型最多，共有55种。大叶铁线莲简化基因组中的SSR重复长度区间为10～30 bp，主要集中在10～20 bp （占91.03%）的范围内。本研究为认识大叶铁线莲基因组特征以及在基因组水平开展其种群遗传学研究提供了基础数据。

• 单位
  洛阳师范学院; 生命科学学院; 河南科技学院