科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的:基于TCGA数据库筛选预后相关的高尔基体相关基因，进一步构建喉癌预后的风险模型。方法:根据分子特征数据库获取高尔基体相关基因图谱。筛选TCGA数据库中喉癌和癌旁组织转录组数据中高尔基体相关基因表达谱，采用limma法对癌和癌旁数据进行差异分析。高尔基体相关基因表达谱结合临床数据进行单因素独立预后分析获取与预后相关的基因。差异基因与预后基因进行交叉分析，获得的基因再进行LASSO回归构建模型。Kaplan-Meier法分析高低风险组预后。ROC曲线验证该预测模型的可靠性。利用实时荧光定量PCR和免疫印迹实验鉴定喉癌和癌旁组织中基因表达的差异。结果:从MSigDB数据库获得1 659个高尔基体相关基因，结合TCGA数据库中喉癌数据，共获得1 084个高尔基体基因表达矩阵，通过差异分析共得到77个上调和190个下调高尔基体相关基因。通过对1 084个高尔基体相关基因进行单因素预后分析，得到了8个喉癌预后抑制因子和15个喉癌预后促进因子。通过交叉分析，最终得到1个在喉癌癌旁组织中高表达的预后抑制因子和5个喉癌组织中高表达的预后促进因子。对获得的6个基因进行LASSO回归分析构建模型，Kaplan-Meier法分析结果显示高风险组比低风险组预后差(P<0.05)。ROC曲线验证该预测模型的可靠性较好。实时荧光定量PCR和免疫印迹实验验证TMC8在喉癌中表达低于癌旁组织，SLC35C1、PDGFA、GALNT2、ITGA5在喉癌中表达高于癌旁组织。结论:采用生物信息学分析方法结合实验验证，筛选并构建了一个喉癌预后的预测模型，为该疾病的研究和诊治提供新的思路和方法。
-
单位西安交通大学第一附属医院
