AllTypeTM FastplexTM NGS试剂基于Ion Torrent S5平台进行HLA基因分型的评价

作者：何亿镇; 董丽娜; 王芳; 王炜; 章伟; 朱发明^*

来源：中国卫生检验杂志, 2023, 33(12): 1473-1477.

• 人类白细胞抗原
• 二代测序
• Ion Torrent S5
• 1号外显子
• 模棱两可组合

目的 AllTypeTM FastplexTM NGS试剂增加了HLA-Ⅱ类基因1号外显子序列分析，本文旨在评价该试剂基于Ion Torrent S5平台进行HLA基因分型的性能情况。方法 利用AllTypeTM FastplexTM NGS试剂检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1位点，使用TSV 2.0.0软件指定NGS法的HLA基因型。采用聚合酶链反应-序列分析法(PCR-SBT)复核部分标本进行质量控制。结果 94份标本NGS法检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1位点，指定为单一组合分型结果为58份，占61.70%。结果分析中软件提示至少有一个等位基因报警的组合有432个，占76.60%。共有5个等位基因组合，报警存在外显子区域碱基错配，经PCR-SBT方法复核发现均为NGS软件错误的判定。随机抽取16份标本，NGS法和PCR-SBT方法检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1基因结果在高分辨水平上完全一致。增加HLA-Ⅱ类基因1号外显子序列，有效解决了DRB1*12:01:01/12:10、DRB1*15:02:01/15:140/15:149、DPB1*13:01/107:01组合的指定。结论 AllTypeTM FastplexTM NGS试剂增加分析HLA-Ⅱ类基因1号外显子，提升HLA分型指定能力。HLA基因型结果指定中应注意软件分析报警信息的处理，必要时采用其他方法进行验证，以保证分型结果准确性。

• 单位
  浙江省血液中心; 浙江中医药大学