福建内陆山区棘胸蛙遗传多样性分析

作者：王茂元; 赖铭勇^*; 黄洪贵; 吴妹英; 田田; 黄柳婷

来源：水产学杂志, 2020, 33(05): 20-25.

• 棘胸蛙
• 简化基因组测序
• 单核苷酸多态性
• 遗传多样性

以基于酶切的简化基因组测序技术(GBS),测定了福建省南平市、三明市和龙岩市地区野生棘胸蛙Rana spinosa子一代3龄蛙群体66份样本的全基因组DNA,依据SNP的基因分型结果,采用邻近法构建系统演化树和主成分分析,以探究福建内陆山区棘胸蛙群体的遗传多样性。共获得66.79 Gb的测序数据,平均每个样本测序数据为1.01 Gb,经过筛选条件过滤,最后共获得8 615个高质量的SNP位点,其中以龙岩群体的SNP最多,为3 589个,南平群体的SNP最少,为2 153个,说明不同地区棘胸蛙群体SNP数存在较大差异。利用系统发生树分析结果表明,在3个棘胸蛙群体中,南平群体能聚为一类,三明和龙岩群体未能明确分类。主成分分析结果表明,3个群体的区分度不明显,虽然在聚类时呈现一定程度的分化,但未形成一定的地理隔离。福建棘胸蛙群体之间存在大量的SNP。该研究可为棘胸蛙的识别和进化提供依据,为更好地保护与利用棘胸蛙种质资源提供参考。

• 单位
  福建省淡水水产研究所