单倍型分析在人和动、植物的许多学科领域都取得了丰硕的研究成果。本文主要介绍了单倍型的概念、研究方法,以及常用的可视化网络分析软件的操作步骤,同时综述和讨论了单倍型在菌物学一些领域,如种群的遗传多样性、生物地理来源及迁徙、复合种群中隐存种的界定及其与系统发育关系、生物入侵及新兴病原的单倍型分析侦测等的研究进展,以期为菌物学向更深层次发展提供新的视角和途径。