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摘要
目的 通过分析单细胞转录组数据，挖掘红系终末分化过程中潜在的转录因子Ikzf1,并探究其在终末红系分化中的功能。方法 利用SCENIC方法对人和小鼠红系细胞的单细胞转录组数据进行转录因子预测，从bulk转录组数据获取所预测因子Ikzf1在红系终末分化过程中的表达情况并在小鼠胎肝红系分化体系中进行RT-qPCR验证。在小鼠胎肝来源的红系细胞中利用短发夹RNA (shRNA)干扰技术敲低Ikzf1,流式分选GFP阳性的成功转染细胞，RT-qPCR验证其敲低效率，流式细胞术分析Ikzf1敲低后对红系分化和脱核的影响。结果 SCENIC预测Ikzf1是人与小鼠红系终末分化共同的转录因子，转录组及RT-qPCR分析显示其在终末分化较早期的原红和早幼红细胞阶段表达量较高。将小鼠胎肝来源红系细胞中Ikzf1基因的表达成功敲低，流式细胞术检测发现Ikzf1敲低导致红细胞分化阻滞在早幼红细胞时期，细胞脱核率显著降低(P<0.05)。结论 转录因子Ikzf1在红系终末分化早期高表达并参与促进红系终末分化和脱核。
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单位北京协和医学院; 中国医学科学院基础医学研究所; 医学分子生物学国家重点实验室
