基于RAD-seq技术开发灵宝杜鹃多态性SSR标记

作者：周晓君^*; 王海亮; 李方玲; 张凯; 王俞娜; 押辉远

来源：农业生物技术学报, 2019, 27(01): 55-62.

• 杜鹃属
• 简单重复序列(SSR)
• 简化基因组测序
• 遗传保护

灵宝杜鹃(Rhododendron henanense subsp. lingbaoense)隶属杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃属,是河南特有物种,因分布范围狭窄、自然更新能力差等原因,种群规模日益缩小,对其进行系统研究与保护日益迫切。为开发用于灵宝杜鹃保护遗传学研究的简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)分子标记,本研究采用RAD-seq (restriction-site associated DNA sequencing)技术对灵宝杜鹃进行简化基因组测序,并进行SSR搜索与引物设计。在组装的120 970个基因序列中共检测到6 107个SSR位点,二核苷酸基序类型所占比例最高,数量为3 848个,占位点总数的63.01%;其次是三核苷酸,有765个,占位点总数的12.53%。利用Primer Premier 3.0软件对这些SSR位点成功设计出3 843对引物。随机选取合成100对引物,在20个灵宝杜鹃个体中进行验证,有87对可扩增出目的条带。利用Cervus 3.0软件,对挑选出的15对多态性较好的SSR位点进行分析,多态位点信息含量介于0.463～0.893之间,平均值为0.649;其中,高度多态位点有13个,未检测出哈迪-温伯格平衡偏离的位点有15个。本研究为开展基于灵宝杜鹃及杜鹃属植物SSR分子标记的相关研究提供了数据支持。

• 单位
  洛阳师范学院; 生命科学学院