藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析

作者：张晶; 文怀秀; 王卫东; 邵赟; 梅丽娟; 陶燕铎^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(18): 6105-6110.

DOI：10.13271/j.mpb.019.006105

• 细果角茴香
• RNA-Seq技术
• 转录组
• SSR标记
• 生物信息

为探究藏药细果角茴香转录组中简单重复序列位点信息,本研究利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台,RNA-Seq测序技术对藏药细果角茴香植株进行测序,并采用生物信息学MISA数据分析进行拼接后查找SSR位点。细果角茴香转录组测序共获得27 979个重复单元长度为2～6个碱基的微卫星重复序列,总的SSR碱基数为142 108 085 bp,平均每3.1 kb出现1个SSR位点。细果角茴香SSR中主要重复单元类型为三碱基,占SSR总数的68.34%,在统计的213种重复类型中(AAG/CTT)n所占比例最高为(7 773,27.78%),其次是(AG/CT)n(4 735, 16.92%)和(ATC/ATG)n(2 420, 8.65%),藏药细果角茴香转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富。研究首次基于细果角茴香转录组高通量测序数据开发了SSR分子标记,为细果角茴香遗传连锁图谱、DNA指纹图谱、遗传多样性评价、种植资源收集与鉴定和分子标记辅助育种等工作提供了科学基础。

• 单位
  中国科学院西北高原生物研究所; 中国科学院大学