科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的:基于GEO数据库初步分析类风湿关节炎的差异基因,为类风湿关节炎的治疗提供新的靶点。方法:检索GEO数据库中关于类风湿关节炎的相关芯片,借助R语言分析差异基因,构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI),拓扑筛选关键差异基因,利用DAVID数据库对关键差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果:(1)检索GEO数据库确定序列号为GSE55457的芯片,利用R语言分析筛选出300个差异基因,通过String数据库构建PPI,运用自由度拓扑筛选出197个关键差异基因;(2)通过DAVID在线功能富集分析关键差异基因,显示信号通路主要表现为细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、原发性免疫缺陷、破骨细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路及MAPK信号通路等。结论:利用生物信息学和R语言能有效分析GEO数据库的原始基因芯片数据,获得芯片内在的生物学信息;通过关键差异基因分析不仅能识别目前已知的类风湿关节炎相关信号通路,还能发现一些新的通路或生物学过程。
- 单位
