农民专业合作经济组织是统筹城乡经济社会发展的良好载体,是实现农村产业升级,解决"三农"问题的重要途径。但是从目前的发展实践来看,农民专业合作经济组织运行机制存在的诸多问题制约其进一步发展。在对青岛胶南市进行实际调研的基础上,分析了农民专业合作经济组织的产权特征、利益分配机制和内部组织结构存在的主要问题,对其成因进行了分析,提出相应的改进措施。