重症COVID-19肺炎肺纤维化关键基因的筛选

作者：夏碧; 李蒙蒙; 陆军^*

来源：临床肺科杂志, 2023, 28(11): 1640-1645.

• COVID-19
• 肺纤维化
• 生物信息技术
• 中药预测

目的 通过生物信息学方法筛选重症COVID-19肺炎患者肺纤维化的关键基因，并预测重症COVID-19肺炎肺纤维化的潜在治疗性中药。方法 从GEO数据库中下载重症COVID-19肺炎肺纤维化的表达矩阵(GSE206788),通过R语言确定重症COVID-19肺炎肺纤维化组与正常对照组的差异表达基因(DEGs),进行基因本体(gene ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析，同时进行蛋白质互作网络分析，5种算法取交集得到关键基因，通过Coremine Medical平台筛选可能的治疗中药。结果 共筛选出249个差异基因，GO功能注释结果显示，DEGs主要在信号转导、免疫应答、炎症反应、质膜、细胞外区域、蛋白质结合功能等富集。KEGG通路分析结果显示，DEGs主要在癌症、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase, PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)等信号通路富集。共筛选出10个关键基因：IL-10、IRF4、JUN、PTK2、TNF、KDR、CXCL8、SMAD3、NOTCH1、RPS27A,通过Coremine Medical平台筛选得到黄芩、黄芪、茶树根、人参、灵芝、丹参等多味具有潜在疗效的中药。结论 本研究筛选出了重症COVID-19肺炎肺纤维化的关键基因及预测了潜在的治疗性中药，为临床治疗的研究提供了参考。

• 单位
  同济大学附属东方医院