一种smems算法的优化实现方案

作者：田英轩; 牛毅; 李甫; 李豪; 马明明

来源：2020-02-17, 中国, CN202010094887.0.

本发明公开了一种smems算法的优化实现方案,属于生物信息学技术领域,其功能是完成序列在字典(bwt表)上的完全匹配,具体包括以下步骤：(1)保持原输入不变,从序列最左端开始,先向右匹配整条序列,在bwt表上寻找完全匹配,当无法继续向右延拓的时候,停止,记录当前碱基位置s1,将[0,s1]这条smem存入R；(2)将匹配顺序改成先左后右,即：在s1位置开始,先向左匹配到终点,针对当前这条完全匹配,向右延拓到最顶端s2,更新s1为s2；(3)重复第二步,直至s2为序列的右端点；(4)输出所有中间匹配的结果R；本发明将原始算法的循环执行的逻辑改成了顺序执行的逻辑,结构清晰,实现方便快捷,在不改变最终结果的前提下,优化了算法实现。

• 单位
  西安电子科技大学