黑番鸭就巢性状差异miRNAs筛选及功能预测

作者：李丽; 章琳俐; Nemat O.KEYHANI; 辛清武; 缪中纬; 朱志明; 邱君志^*; 郑嫩珠^*

来源：农业生物技术学报, 2022, 30(04): 726-738.

• 黑番鸭
• 就巢
• 卵巢
• miRNA
• 靶基因

黑番鸭(Cairna moschata)是优良的瘦肉型肉鸭，耐旱、耐粗饲，在养禽业中具有重要价值和特殊地位；但是就巢性强、繁殖力低，严重制约其产业发展。本研究分别采集就巢期和产蛋期各3只黑番鸭的卵巢组织，以TRIzol法提取卵巢组织总RNA，构建文库并分析2组miRNA的差异表达；随后对miRNA进行靶基因预测，并对靶基因进行GO和KEGG分析；最后通过qPCR验证高通量测序结果的可靠性。结果显示，测序产出的原始数据(raw reads)均超过11 099 443条，过滤后序列所占比例均高于96.15%，可用于后续分析；经比对鉴定获得344个miRNAs，包括275个已知miRNAs和69个新发现的miRNAs；与产蛋期比较，就巢期黑番鸭卵巢组织中筛选到16个差异miRNA，其中5个上调、11个下调，并预测到440个靶基因，其中生长激素促分泌素受体(growth hormone secretagogue receptor, GHSR)、卵泡抑素(follistatin, FST)等靶基因与繁殖及卵巢发育相关，推测其对应的gga-miR-16c-5p、gga-miR-146a-3p、novel＿247、novel＿325等miRNAs可能与黑番鸭就巢性状相关；GO富集分析表明，与繁殖发育相关的过程有染色体组织(chromosome organization)、核染色体(nuclear chromosome)、纺锤体微管(spindle microtubule)、核酸结合(DNA binding)和核苷酸激酶活性(nucleotide kinase activity)等；KEGG通路注释结果显示，234个靶基因注释到101个信号通路上，包括Wnt和胰岛素信号通路等可能与生殖细胞增殖分化及发育相关的通路。qPCR验证结果显示，上调和下调miRNAs的相对表达量变化趋势均与高通量测序结果一致。本研究筛选了黑番鸭就巢性状关键miRNAs，为从转录或转录后调控层面分析黑番鸭就巢机制、加快高产新品系的选育提供基础资料。

• 单位
  福建省农业科学院; 生命科学学院; 福建农林大学