黄桃叶绿体基因组的组装与序列分析

作者：龚意辉; 周桂花; 李丽梅; 曾永贤; 陈致印^*

来源：热带作物学报, 2022, 43(08): 1545-1553.

• ‘锦绣’黄桃
• 叶绿体基因组
• 组装
• 序列分析
• 进化树分析

以‘锦绣’黄桃为试材，利用Illumina NovaSeq 6000测定‘锦绣’黄桃的DNA序列，用SPAdes v3.10.1组装叶绿体基因组，以桃树叶绿体基因组为参考，对其进行叶绿体基因组特征和进化树分析，为进一步开展‘锦绣’黄桃遗传与鉴定学研究奠定良好基础。结果表明：‘锦绣’黄桃叶绿体基因组全长为157 786 bp，具有典型的四分体环状结构，GC含量为36.77%,AT含量为63.23%，包括1个大单拷贝区（LSC）、1对反向重复区（IR）和1个小单拷贝区（SSC），序列长度分别为85 924、26 381、19 100 bp,LSC、IR和SSC区域中的GC含量分别为34.61%、42.58%、30.41%。‘锦绣’黄桃的叶绿体基因组共注释得到130个基因，包括85个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因；按照功能分类将其分为光合作用相关基因、自我复制相关基因、其他基因和未知功能基因4大类，在这些基因中包括18个双拷贝基因，分别是1个NADH脱氢酶亚基基因（ndhB）、4个自我复制基因（rpl2、rpl23、rps12、rps7）、4个rRNA基因（rrn16、rrn23、rrn4.5、rrn5）、7个tRNA基因（trnA-UGC、trnI-CAU、trnI-GAU、trnL-CAA、trnN-GUU、trnR-ACG、trnV-GAC）、2个未知功能蛋白基因（ycf1、ycf2）。在‘锦绣’黄桃叶绿体基因组中查找248个SSR位点，分布在LSC、SSC、IR区域的SSR数量分别为165、44、39个，占比分别为66.53%、17.74%、15.73%，以单核苷酸重复占绝对优势，主要是A/T，其次是三核苷酸类型，其优势重复单元类型是ATA、TAT和TTA。进化树分析表明，‘锦绣’黄桃与桃树（Prunus persica,MH169125.1）亲缘关系最近。本研究建立了适于‘锦绣’黄桃完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法，为‘锦绣’黄桃的鉴定和系统发育研究奠定基础。

• 单位
  湖南人文科技学院