骨关节炎相关基因差异的表达分析

作者：陈璞

来源：赣南医学院学报, 2021, 41(01): 31-36.

• 骨关节炎
• 富集分析
• 蛋白质互作网络

目的:骨关节炎(osteoarthritis,OA)是中老年人群中的骨科疾病,其疾病的发生可能与多个基因有关,但发病机制尚不清楚。本研究应用生物信息学方法研究与OA相关的基因,以揭示其分子机制。方法:从美国国立卫生研究院的NCBI下载基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)在线下载GSE55235与GSE55457数据集,原始数据通过预处理以及"limma"包筛选得到差异表达基因,通过"clusterProfiler"包对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,最后使用"STRINGdb"包对差异基因进行蛋白互作网络分析。结果:本研究中,分别通过得到两个数据集的差异表基因,然后进行差异基因的重叠分析,以P. adjust<0.05和|logFC|>1作为筛选标准,总共筛选出56个差异基因,其中上调基因个数为20,下调基因个数为36。这些差异基因主要富集在MAPK signaling pathway、Epstein-Bar virus infection、Human T-cell leukemia virus 1 infection和PI3K-Akt signaling pathway等通路。将差异基因通过蛋白质网路分析后得出骨性关节炎的关键基因VEGFA、JUN、MYC、ATF3、DUSP1、NR4A1、CDKN1A、NR4A2、GADD45B和KLF6。结论:VEGFA、JUN、MYC、ATF3、DUSP1、NR4A1、CDKN1A、NR4A2、GADD45B和KLF6可能与OA密切相关的基因,这些基因可以为OA的诊断与治疗提供新的靶点。

• 单位
  东莞市第八人民医院