青海省1例外省输入性猴痘病毒基因特征分析

作者：雷有菊; 赵生仓; 唐志坚; 王文玲; 吴长城; 李崇亥; 陆柔剑; 王晓彤; 何丽芳; 阴梦琪^*

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2023, 37(05).

• 猴痘病毒
• 高通量测序
• 基因特征

目的基于扩增子技术结合高通量测序技术和生物信息分析技术, 构建青海省猴痘病毒基因组测序、病毒变异分析及病例分子溯源方法, 为今后青海省猴痘疫情防控提供技术支撑。方法以猴痘病毒核酸阳性样本DNA为模板, 利用Ampliseq扩增子技术进行全基因组靶向扩增并构建测序文库, 利用Ion Torrent GeneStudio S5二代测序仪及其内置软件完成猴痘病毒全基因组测序、数据优化、变异分析及序列拼接, 获得一致性序列。使用在线分析工具进一步分析病毒变异和基因组谱系分型, 构建进化树进一步分析病例病毒潜在来源。结果皮疹拭子和口咽拭子样本猴痘病毒基因核酸检测Ct值分别为32.13和36.91, 皮疹拭子样本经猴痘病毒全基因组测序后获得一条高质量有效序列, reads数匹配率为99.99%, 测序平均深度12 370×, 基因组覆盖度为99.4%, 序列属于IIb(西非分支)B.1.3型, 存在86处核苷酸突变位点, 引起41个氨基酸突变。变异分析和系统进化树分析结果显示, 与GISAID猴痘病毒数据库中国云南、日本近期提交的共4条猴痘病毒基因组序列在同一分支, 与中国云南提交的序列EPIISL18059184(2023-07-03采样)进化关系最近, 共享82个核苷酸突变位点, 其中云南序列仅存在共享的全部82个突变位点, 本研究序列在共享82个核苷酸突变位点的基础上增加2个核苷酸突变位点;与日本提交的序列EPIISL17692269(2023-04-28采样)进化关系较近, 共享78个核苷酸突变位点, 存在7个核苷酸突变位点差异, 日本序列在共享78个突变位点的基础上增加1个核苷酸突变位点(G57786A), 本研究序列则增加6个核苷酸突变位点(G13563A、C21062T、G101241A、C142797T、G152866A、T169721A)。结论从一例核酸检测Ct值较低的样本中获得一条全长197 084 bp的猴痘病毒全基因组有效序列, 成功构建了青海省基于Ampliseq扩增子技术的猴痘病毒全基因组测序、病毒变异和分子溯源方法。

• 单位
  青海省科学技术厅; 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 青海省疾病预防控制中心