孑遗濒危植物矮扁桃叶绿体全基因组特征分析及亲缘关系鉴定

作者：杨斌; 孟庆瑶; 张凯; 段义忠^*

来源：植物研究, 2020, 40(05): 686-695.

• 矮扁桃
• 叶绿体全基因组
• 亲缘关系
• 高通量测序

对第三纪孑遗濒危植物矮扁桃(Amygdalus nana)叶绿体全基因组进行结构特征分析,并探究其与近缘物种之间的系统进化关系。利用Illumina Hi Seq Xten测序技术获取叶绿体全基因组序列,对其进行组装、注释和特征分析。结果表明:(1)矮扁桃叶绿体全基因组总长度为158 596 bp,其中LSC长度为86 771 bp,SSC长度为19 037bp,2个IRs均为26 394 bp,为环状四分体结构。共注释130个基因,包括85个PCGs、37个t RNA和8个r RNA。(2)对6种植物进行IR边界区扩张和收缩分析,发现在4个边界区的基因类型和基因分布情况存在一定差异,并且亲缘关系越紧密差异程度越小。(3)在矮扁桃叶绿体全基因组中共预测了71个SSRs位点。(4)系统发育分析结果显示,在扁桃亚属中,矮扁桃在亲缘关系上与蒙古扁桃更近,而与长柄扁桃和榆叶梅的亲缘关系稍远。本研究对矮扁桃叶绿体全基因组进行了深度剖析,并且涉及大量被子植物的叶绿体全基因组资料,为桃属植物之间的进化关系和植物鉴定提供参考依据。

• 单位
  榆林学院; 生命科学学院