苦茶全长转录组测序及基因结构分析

作者：庞丹丹; 刘玉飞; 孙云南; 田易萍; 宋维希; 陈林波^*

来源：西北农业学报, 2021, 30(04): 563-571.

• 苦茶
• 全长转录组测序
• LncRNA
• 可变剪切

为进一步探究苦茶特异性状形成的遗传基础,基于PacBio对苦茶进行Iso-Seq,最终得到Polished consensus序列132 334个,其中有26 184个为已知基因的新转录本,7 115个为新基因,同时鉴定得到21 106个SSR位点;基因结构分析结果中,4 892个基因发生了可变剪切事件,其中内含子滞留事件占比最大;预测得到1 918个新的转录因子,778个LncRNA。比较KEGG(10 976+5 626)、KOG(6 296+1896)、GO(6 221+575)3大数据库功能注释情况,发现注释到KEGG的转录本数最多,其中多个转录本注释到与茶叶品质和苦茶特异性状形成相关的代谢途径,如苦茶碱等嘌呤生物碱代谢(74+17)、氨基酸代谢(409+69)、苯丙烷生物合成(70+18)和萜类物质生物合成(152+31)等(括号内数值为未比对到基因组的转录本和新转录本数量)。这些发现将有助于苦茶特异性状相关基因标记的开发、并为其形成的机理及遗传机制的研究奠定基础。

• 单位
  云南省农业科学院茶叶研究所