尼帕病毒密码子偏爱性分析

作者：何振; 尚方建; 王聪; 刘奇; 孟余^*

来源：中国病原生物学杂志, 2022, 17(02): 159-169.

DOI：10.13350/j.cjpb.220207

• 尼帕病毒
• 密码子偏爱性
• 自然选择

目的 了解尼帕病毒(Nipah Virus, NiV)主要蛋白密码子使用偏爱性及其影响因素，寻找最佳病毒蛋白表达系统。方法 以人NiV的352条编码序列为材料，使用EMBOSS的子程序CAI和CUSP以及CodonW、SPSS22.0软件统计分析NiV 6个蛋白基因组密码子偏爱性，再用SigmaPlot14.0进行绘图。结果 NiV各蛋白基因组ENC值分布在50.34～55.87之间，CAI值为0.678(0.606～0.730)。RSCU>1的密码子中以A/U结尾的约占43.3%。AGA、AGG、ACA、CUU、GUU、UCA为6个蛋白的多基因共有高频密码子。中性绘图分析、ENC-Plot分析和PR2奇偶分析表明自然选择是影响NiV密码子偏爱性的主要因素，同时突变因素也具有一定的作用。将NiV基因密码子使用频率与大肠埃希菌、酵母、人和昆虫杆状病毒表达系统进行比较，显示NiV与酵母密码子使用频率相差最小。结论 NiV密码子在使用过程中偏爱A/U结尾，其偏爱性主要受自然选择作用的影响，酵母是最适于其蛋白表达的系统。

• 单位
  基础医学院; 大理大学