基于RNA-Seq技术的毕赤酵母基因组重注释及新型强启动子的发现与序列分析

作者：亓飞; 蔡孟浩; 周祥山; 张元兴

来源：华东理工大学学报, 2014, 40(02): 167-175.

DOI：10.14135/j.cnki.1006-3080.2014.02.002

• 毕赤酵母
• RNA-Seq
• 基因组重注释
• 启动子

使用RNA-Seq技术,对毕赤酵母进行了转录组测序。基于测序结果,对现有毕赤酵母基因组进行了重注释,修正了基因组序列中的错误位点861处,发现了新转录本249个及可变剪切现象83个,并更正了553个转录本的错误注释。经过表达谱分析,在毕赤酵母中发现了2个新型强启动子,分别命名为P437和P1431,其驱动的转录本的最高转录水平分别为AOX1基因的1.78倍和3.40倍。序列分析显示,P437和P1431序列中存在着多个酵母转录因子的结合位点。

• 单位
  华东理工大学; 生物反应器工程国家重点实验室