广西凤山中籽茶群体种质SNP标记开发及遗传进化分析

作者：付超; 刘凯; 张幸; 梁国校; 江泽鹏; 王凌晖^*

来源：经济林研究, 2023, 41(03): 169-186.

DOI：10.14067/j.cnki.1003-8981.2023.03.016

• 油茶
• SNP
• SLAF-seq
• 遗传分析

【目的】开发大量SNP标记用于油茶种质资源鉴定及其遗传差异化分析，为广西优良地方油茶种质资源的开发和利用提供依据。【方法】以广西凤山中籽茶8个居群64份种质资源的叶片为供试材料，参考已公布的茶树Camellia sinensis var. sinensis基因组进行酶切预测，选择最适酶切方案，对油茶基因组DNA酶切构建SLAF-seq文库，利用SLAF-seq测序技术对其进行高通量测序、SNP标记开发及其进化关系分析。【结果】通过对照组水稻（Oryza sativa）测序数据的评估检测，显示本次试验双端比对效率为95.53%，酶切效率为95.06%，表明SLAF建库正常；构建SLAF-seq文库并进行双端测序，平均测序深度为13.43 x，共获得207.34 M的读长数据，测序平均Q30为88.94%，平均GC含量为44.85%，共开发879 284个SLAF标签，其中多态性SLAF标签242 892个，共得到4 565 217个群体SNP，进一步地开发获得199 745个高一致性的SNP标记；基于高一致性SNP标记的遗传分析结果表明：可将这广西凤山中籽茶8个居群64份种质划分为2个大类群，4个亚类群，每个亚类群均由来源于1～3个地方群体种质组成。【结论】本研究表明SLAF-seq测序技术可有效用于油茶群体种质SNP标记开发，其标记数量、质量及效率远远优于ISSR、SRAP、SSR等第一、二代分子标记技术；聚类分析表明，遗传变异多来自于群体内，群体间各群各自聚类、地域性相对明显，其遗传分化程度与地理距离远近呈现显著的正相关性。从全基因组范围开发的高质量SNP标记可进一步用于油茶种质资源鉴定、连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究。

• 单位
  广西壮族自治区林业科学研究院; 广西油茶良种与栽培工程技术研究中心; 广西大学