文章基于DEAP2.1和DEASolver pro5.0软件,对2016~2020年我国各地区国家级科技企业孵化器的综合运行效率和超效率进行了分析。研究发现,东三省的超效率最高。又通过Malmguist指数方法对东三省国家级科技企业孵化器的运行效率进行了动态分析。得出结论:说明是投入不足、技术水平不高、规模效率无效的结果。文章从政府政策改良、服务升级、打造品牌和人才培养等方面对东三省国家级科技企业孵化器运行效率的提高,提出对策和建议。