衣原体(Chlamydiae)感染可引起人和动物的多种疾病。长期以来,衣原体固有的细胞内周期和使用抗生素作为可选择标记的限制阻碍了对该病原体进行基因操作分子工具的发展。然而,最近各类遗传操作工具的发展使我们对改变衣原体基因组的能力有了显著提高,这将加速阐明这种顽固性病原体的生物学和发病机制。本综述中阐述了衣原体遗传操作的挑战和可行性分析,以及其相关分子遗传工具的进展。