缺席审判程序与独立没收程序的并存导致两程序在具体司法适用中存在程序选择问题。为使两程序能够有机配合,两者应在非竞合范围内独立适用,竞合范围内进行有序衔接。先提起独立没收程序的,还可再提起缺席审判程序,缺席审判停顿状态下可再开展独立没收程序,法院缺席审判作出无罪判决的不能附带作出没收违法所得的裁定,缺席审判程序完成后对新发现的违法所得应分不同情况处理。