基于游离DNA的纳米孔测序在一例肺炎病例病原识别中的应用

作者：江婷婷; 林彦锋; 杨朗; 王凯英; 李瑾慧; 李璞媛; 刘慧莹; 李鹏; 宋宏彬^*

来源：国际病毒学杂志, 2023, 30(03).

• 纳米孔测序
• 宏基因组测序
• 单纯疱疹病毒
• 游离DNA
• 病原检测

目的探讨游离DNA测序在呼吸道感染病原诊断中的应用价值。方法对一例肺炎病例的支气管肺泡灌洗液和血液样本提取游离DNA, 同时进行纳米孔测序和二代测序。结果纳米孔测序从肺泡灌洗液样本中检测到132条1型单纯疱疹病毒(herpes simplex virus type 1, HSV-1)序列, 但从血液样本中未检出HSV-1序列。二代测序从两种样本中均检出HSV-1序列, 产生的病毒序列数与测序深度高于纳米孔测序。实时定量PCR反应和血清学检测证实了该诊断。纳米孔测序与二代测序数据混合组装后获得了HSV-1全长序列, 系统进化分析表明该病毒与美国分离的毒株亲缘关系最近。结论纳米孔测序技术可在更短时间内检测出病原, 有助于感染性疾病病原的快速诊断。

• 单位
  安徽医科大学; 解放军总医院; 公共卫生学院