以福建省龙岩市小吉溪流域为例，以考核断面水质达标为目标，坚持问题导向，分析流域水生态环境现状及变化情况，识别主要生态环境问题及成因，按山水林田湖草系统治理思路，提出入河排污口规范整治、截污治污、清障清淤、水土保持、生态治理、生态景观、水质自动站等综合措施，为相关地区农村水系治理提供借鉴。
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